มณฑลทหารบกที่ ๑๓  เดิมเรียกว่า จังหวัดทหารบกลพบุรี  ตั้งขึ้นก่อนปีพุทธศักราช ๒๔๖๘  ในระยะเริ่มแรกเป็นหน่วยงานเล็ก ๆ อยู่รวมกับหน่วยกรมกองทหารอื่น ๆ  ในจังหวัดลพบุรีโดยผู้บังคับหน่วยกรมกองนั้น ๆ ทำหน้าที่เป็นผู้บังคับบัญชา  ต่อมาในปีพุทธศักราช ๒๔๖๘ ได้จัดตั้งกองบังคับการจังหวัดทหารบกลพบุรี รวมอยู่กับกรมทหารปืนใหญ่ที่ ๓ บริเวณที่ตั้งโรงเรียนพิบูลวิทยาลัยในปัจจุบัน ขึ้นตรงต่อมณฑลทหารบกอยุธยา ปีพุทธศักราช ๒๔๖๙  ยุบเลิกกรมทหารปืนใหญ่ที่ ๓  กองบังคับการจังหวัดลพบุรี ได้ย้ายไปอยู่กับโรงเรียนทหารปืนใหญ่ ตำบลโคกกระเทียม ซึ่งเป็นที่ตั้งศูนย์การทหารปืนใหญ่ในปัจจุบัน
      ปีพุทธศักราช ๒๔๗๖  เกิดกบฏบวรเดช ทางราชการได้ยุบมณฑลทหารบกอยุธยาและให้จังหวัดทหารบกลพบุรีไปขึ้นตรงต่อมณฑลทหารบกกรุงเทพ ปีพุทธศักราช ๒๔๘๐  จังหวัดทหารบกลพบุรี ได้ย้ายจากโรงเรียนทหารปืนใหญ่ไปตั้งรวมกับ แผนกที่ ๑  กรมจเรทหารบกในค่ายสมเด็จพระนารายณ์มหาราช  ในปีนั้นจังหวัดทหารบกลพบุรี   ได้รับการปรับปรุงกิจการเป็นครั้งแรก  และเข้าที่ตั้งเรียบร้อย  เมื่อวันที่  ๒๕ มีนาคม พุทธศักราช ๒๔๘๐    จึงถือเอาวันที่ ๒๕ มีนาคม ของทุกปีเป็นวันสถาปนาหน่วยสืบมา
       ปีพุทธศักราช ๒๔๘๘  จังหวัดทหารบกลพบุรีและหน่วยทหารในค่ายสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ได้รับคำสั่งจากกองบัญชาการทหารสูงสุดให้ย้ายหน่วยออกจากค่ายภายใน ๒๔ ชั่วโมง  เนื่องจากหน่วยทหารของกองทัพพันธมิตรได้เข้ามาปลดอาวุธทหารญี่ปุ่นในโรงเรียนพิบูลวิทยาลัย และต่อมาในปีพุทธศักราช ๒๔๘๙  ได้เข้าที่ตั้งแห่งใหม่รวมกับกรมทหารราบที่ ๒๑  บริเวณวัดไก่ ตำบลทะเลชุบศร  ณ  ที่ตั้งของหน่วยก่อสร้างกรมยุทธโยธาเดิม และกองทัพบกได้สั่งให้ผู้บังคับการกรมทหารราบที่ ๒๑ และรองผู้บังคับการกรมเป็นผู้บังคับการจังหวัดทหารบกลพบุรี และรองผู้บังคับการจังหวัดลพบุรีอีกตำแหน่งหนึ่ง 
ต่อมา พุทธศักราช ๒๔๙๑  กองทัพบกได้มีคำสั่งให้จังหวัดทหารบกลพบุรีเป็นหน่วยอิสระและกรมทหารราบที่ ๒๑  ย้ายไปตั้งที่จังหวัดสระบุรี     โดยกำหนดให้จังหวัดทหารบกลพบุรีเป็นหน่วยขึ้นตรงต่อภาคทหารบกที่ ๑ (กองทัพภาคที่ ๑)  ตั้งแต่วันที่ ๗ ตุลาคม ๒๔๙๓  โดยมี  พลตรีอุทัย    วงษ์วีระเดช   เป็นผู้บังคับการ  ต่อมาในวันที่ ๕ ธันวาคม ๒๔๙๙  กองบังคับการจังหวัดทหารบกลพบุรี  ได้ย้ายเข้าที่ตั้งปัจจุบันเลขที่ ๔๐๐ หมู่ที่ ๕  ถนนนารายณ์มหาราช  ตำบลทะเลชุบศร  อำเภอเมือง  จังหวัดลพบุรี   และ เมื่อวันที่ ๖ กันยายน พุทธศักราช  ๒๕๓๓  ได้แปรสภาพการจัดหน่วยเป็นมณฑลทหารบกที่ ๑๓  โดยใช้อัตราการจัดยุทโธปกรณ์  หมายเลข ๕๑-๒๐๑ (๕ ส.ค.๓๑)   เป็นหน่วยขึ้นตรงกองทัพภาคที่ ๑    มีจังหวัดทหารบกลพบุรี  และจังหวัดทหารบกสระบุรี     เป็นหน่วยขึ้นตรง รับผิดชอบพื้นที่  ๖ จังหวัด ได้แก่  จังหวัดลพบุรี ,จังหวัดสิงห์บุรี,จังหวัดอ่างทอง , จังหวัดชัยนาท, จังหวัดสระบุรี  และจังหวัดพระนครศรีอยุธยา